農田水利署南投管理處組織架構圖由上至下分別為：

處長1人、副處長1人及主任工程師1人，並設置總務組、財務組、管理組、工務組、主計室、人力資源室、輔導室及資訊室。其中總務組下設文書股、事務股與出納股；財務組下設徵收股與財產股；管理組下設灌溉股與督導股；工務組下設設計股與工事股。

另設置所屬工作站包含喀哩工作站、霧峰工作站、茄荖工作站、草屯工作站、土城工作站、國姓工作站、大坪頂工作站、福興工作站、埔里工作站、魚池工作站。

　　灌溉計畫擬定、執行、檢討，水源調節、分配救旱及防汛措施擬定執行；渠道維護管理，改善計畫擬定、工程設計條件提供水政業務調查、會勘、陳情案件處理；制排水門使用管理、水權取得登記申請抽水機營運管理；氣象水文資料統計運用廢圳路地報廢審定圳路遷移案件審定。

• 農田水利設施範圍劃設及公告業務。
• 國有水利用地管理機關變更調查業務。
• 農田水利設施兼作其他使用業務。
• 灌溉水質業務管理業務。
• 非農田排水申請許可排放於農田水利設施範圍內(搭排)業務。
• 水利妨害、糾紛及訴訟業務。
• 基層水利小組設置及管理。
• 農田水利事業區域村里民大會決議事項協助辦理。

◎埤圳數計74條，灌溉面積 13,242公頃

（1）濁水溪水系：新城圳等6條，灌溉面積567公頃，佔4.28%

（2）烏溪水系：能高大圳等68條，灌溉面積12,675公頃，佔95.72%

◎灌排渠道計 1,571,689公尺

（1） 灌溉渠道 1,273,799 公尺

　　　導水路 5,297 公尺

　　　幹 線 193,631 公尺

　　　支 線 343,377 公尺

　　　給水路 693,443 公尺

　　　隧道 38,051公尺

（2）排水路 297,890 公尺

◎雨量站計7站，近年平均降雨量

◎灌溉用水

◎抽水設施計170處(地面水抽水站6處, 移動式抽水機3台, 地下水井161口)

◎水門協勤人員服務117處，年津貼433,410元

　　本處灌溉水源以地面水為主，屬河川取水型，易受季節性水源豐枯影響，一期作整田期間河川水源不足或取水口因災害無法取水時，佐以地下水井補給。並在不影響區域排水功能原則下，於區域排水設置攔水門迴歸利用，歷年來均能克服困難，完成供水任務。

承處長之命綜理組務， 並設 設計股、工事股兩股，其職掌如下：

1. 工程設計之規劃事項。
2. 對轄區內之工程計畫之訂定事項。
3. 各項工程設計標準、施工規範及材料規格之研訂事項。
4. 分期實施全面土地改良工程之計畫事項。
5. 各項工程之年度計畫與預算執行事項。
6. 各項工程（包括房屋修繕工程）之調查、測量及設計事項。
7. 地下水開發及配合土地重劃輪灌工程事項。
8. 工程之經濟調查與研究事項。
9. 工程之試驗研究與報告事項。
10. 工程成本之計算及折舊之核定事項。
11. 工程之補助與貸款擬議事項。
12. 大地測量（除水文測量外）及地質鑽探事項。
13. 工程圖表晒製、刊物及資料保管事項。
14. 工程材料、人工之調查與統計申配事項。
15. 機電（包括機器、電氣）等設備附設工程之規劃與使用指導事項。
16. 工程用地規劃及征購、資料之提供事項。
17. 附屬機構之工程計畫（包括雇工、征工、征料）審核事項。
18. 工程施工中之品質控制、檢驗、監查及複驗事項。
19. 工程器材之檢驗、監查事項。
20. 剩餘與殘廢器材之會勘事項。
21. 水庫改善與水土保持事項。
22. 其他有關工程設計事項。
23. 處長交辦事項。

1. 各項工程之施工監督事項。
2. 工程之招標訂約、取保與公證事項。
3. 工程材料工具之調度與分配登記事項。
4. 工程進度之擬議、考核報告施工記錄照片之攝製與統計事項。
5. 工程之承包人請款及支付經費之推算與報告事項。
6. 工程災害處理及施工中之變更設計事項。
7. 工程之竣工決算統計報告事項。
8. 竣工工程之移管事項。
9. 工程工地之治安及工人之管理事項。
10. 工程之成果統計登記事項。
11. 工程估價與折舊之考核登記事項。
12. 工程之征工、征料事項。
13. 營造廠商之調查登記、資格之審定事項。
14. 各項工程設立台帳事項。
15. 其他有關工程考工事項。
16. 處長交辦事項。

一、公文處理：

1. 公文收文、分文、公文登記交承辦人員簽辦、繕打、校對、用印、發文、歸檔。
2. 列管案件(人民陳情、申請、上級單位交辦等)逾期公文之追縱、催辦。
3. 年報表、月報表、週報表之製作、陳核及檢討。

二、公文書檔案管理、公文書電子掃描歸檔及檔案歸檔年度報表統計。

三、受理檔案借調查閱，與辦理檔案清理及銷毀。

四、農田水利事務諮議會等會議資料彙編及紀錄。

五、年度業務督導報告資料之彙整，主辦工作站年度業務檢查。

六、公務登記：本處重大紀事蒐編，以備編纂會誌及策劃今後會務方針。

　　本處出納業務已納入電腦化作業，主要職掌有薪資管理、有價証券管理及各項收、支管理，由於電腦化連線作業，使處理業務上達到迅速確實，且節省人力，更能提高工作效率。

事務股

一、固定資產管理：資產增置、登記、經營、養護、減損之管理。

二、物品管理：物品採購、收發及保管、登記與報核、廢品之處理。

三、工程材料管理：工程材料籌辦、採購、材料倉儲管理、材料會計管理。

四、車輛管理：車輛登記檢驗、調派任用、油料管理、保養修理、報停報廢、 肇事處理、駕駛人管理。

五、辦公處所管理：辦公廳室內佈置、環境佈置、室內秩序及環境衛生維護、 節約能源管理。

六、集會管理：集會場所之使用登記，會場佈置、接待、會場清潔維護管理。

七、農田水利事務諮議會相關業務辦理工作，本處事務諮議會委員共25人。

財產股業務項目：

　　一、關於房地產之管理。

　　二、水利用地取得。

　　三、關於土地處分。

　　四、關於土地登記及地籍管理。

　　五、各項稅賦。

　　六、財務計劃之擬定。

　　七、關於土地出租、出借及承租業務。

徵收股業務項目：

　　一、各項費用查定征收。

　　二、舊欠費清理。

　　三、收費審核與帳務之處理。

　　四、征收業務稽核。

　　五、地籍測量及實測圖保管。

　　六、各項補助、貸款經辦。

　　七、財務調度。

負責預算之編審、經費科目之審核等。預算係由各組室提供資料，參照上年度核定預算已執行情形，考量自然增減驅勢，並以開源節流力求量入為出之原則，核實編列，依照行政院農業委員會發布『財務困難農田水利會預算編列基準』編製，提交會務委員會審議通過，報行政院農業委員會核定。年初彙編分配預算交由各組室執行管控，並做好內部審核與財務管控工作；以撙節開支為原則，減少非必要之開支，杜絕消化預算之發生，以健全本處財政減少短絀。 於年度結束時，依據各種帳簿辦理決算。

1. 辦事細則之擬訂實施、分層負責實施辦法之訂定。
2. 各項補助、待遇（薪金、加給、獎金）核發及審核事項、文康活動、資深績優人員表揚及員工慶生等福利事項。
3. 因公出國派員計劃、訓練進修、考核與獎懲等事項。
4. 人事任免遷調之核簽擬辦通報事項、待遇標準之審定事項及約僱人員計畫及僱用。
5. 辦理退休退職及撫卹之核給。
6. 勞保、健保、二代健保及勞基法相關規定事項(勞資會議、勞退等)之辦理。
7. 有關人權兩公約、性別平等及環境教育等相關之宣導與訓練。

1. 政風法令宣導。
2. 防貪肅貪工作。
3. 公務機密維護工作。
4. 機關安全防護工作。
5. 協助業務主管單位對陳情請願事項疏處。
6. 檢舉案件之查處及貪瀆不法案件之發掘與查處。
7. 處長交辦事項。

依資通安全管理法，擬訂適當之資訊安全管理措施，以確保本處資訊處理、傳送、儲存及流通之安全作有效之管制。

1. 本處資訊安全政策訂定。
2. 本處資訊安全權責分工。
3. 本處人員管理及資訊安全教育訓練。
4. 本處電腦系統安全管理。
5. 本處網路安全管理。
6. 本處系統存取控制管理。
7. 本處系統發展及維護安全管理。
8. 本處資訊資產安全管理。
9. 本處實體及環境安全管理。
10. 本處業務永續運作計畫管理。