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沿革

• 日治1895年以前 清代私設私營時期 :私人興辦埤圳
• 大正10年 (西元1921年) 日治時代各埤圳水利組合時期：南投郡區、大屯郡區、能高郡區、新高郡區各埤圳水利組合
• 昭和16年(西元1941年) 日治時代水利統治時期：南投水利組合、大屯水利組合、能高水利組合、新高水利組合
• 民國35年(西元1946年) 台灣光復農田水利協會時期：水利組合改名為農田水利協會
• 民國37年(西元1948年) 水利委員會時期：農田水利協會改名為水利委員會
• 民國45年(西元1956年) 農田水利會選任時期：南投與大屯水利委員會草湖溪以南地區，合併為南投農田水利會，能高與新高水利委員會合併為能高農田水利會
• 民國64年(西元1975年) 健全農田水利會時期：南投農田水利會與能高農田水利會合併為南投農田水利會
• 民國72年(西元1983年) 改進農田水利會時期（1983～1992 年）:民國 73 年，臺灣省政府於研究後擬定「政府負擔農田水利會灌溉、排水工程補助之檢討及水利會財務改善計畫」，其財務及經營困難，應協助其改善。部分民意代表建議將農田水利會改為政府機構或由政府接管。後1990 年（民國 79 年）底，行政院於邀集各有關單位研商後裁定，農田水利會仍應維持公法人體制，並指示針對農田水利會的組織體制及各項缺失予以改進。
• 民國82年(西元1993年) 政府遴派農田水利會時期（1993～2000 年）：臺灣省政府為依「農田水利會組織通則」規定，於原選任會長及會員代表任期屆滿，即 1994 年（民國 83 年）5 月底前，完成第一屆遴派會長及會務委員工作。
• 民國90年 (西元2001年) 農田水利會回歸自治時期（2001 年至2020年） ：民國 90 年6 月 20 日，再度修正「農田水利會組織通則」相關條文，規定農田水利會設會務委員會，會務委員由全體委員會分區選舉產生，連選得連任，並規定農田水利會會長的參選資格，應年滿 30 歲且具會員身分，由會員直接投票選舉產生，農田水利會遂邁入另一個民主自治的新時代。102年1月1日臺灣省15個農田水利會同步更名，臺灣省南投農田水利會更名為「臺灣南投農田水利會」。
• 民國109年10月1日(西元2020年) 改制納入公務機關時期（2020年至今）：民國109年7月22日制訂公布「農田水利法」，並自109年10月1日施行。原各農田水利會改制納入公務機關，本處更名為「行政院農業委員會農田水利署南投管理處」。
• 民國112年8月1日(西元2023年) 2023年5月31日，制定公布《農業部農田水利署組織法》。同年8月1日，農委會改制為農業部後更名為「農業部農田水利署」，本處隨主管機關改制更名為「農業部農田水利署南投管理處」。